根据你所使用的反转录引物类型，处理方式会有所不同如果使用的是通用反转录引物，那么不需要分开进行反转录过程通用引物能够将所有的RNA反转录为cDNA，随后在定量分析阶段，你可以使用针对miRNA和普通基因的特定定量引物分别进行定量相反，若采用的是特异性反转录引物，则需要将反转录过程分开尽管反应；MirRNA设计方法是一种在生物研究中广泛应用的技术，尤其在RNA测序与表达分析中设计方法涉及引物的构建，包括poly加尾和茎环结构两种类型对于miRNA引物设计茎环法，目标是将原长度约为20bp的miRNA进行延伸，使其达到80bp左右，便于后续的引物设计此过程中，通过在miRNA的5#39端添加茎环结构，3#39端。

MirRNA设计方法旨在有效地扩增和检测miRNA，通过特定的引物设计实现主要有两种策略茎环法和poly加尾法茎环法的关键在于先将miRNA加长为环状片段，通过逆转录引物RTprimer与其匹配，然后使用实时定量PCR引物进行扩增逆转录引物由茎环结构如5’CTCAACTGGTGTCGTGGAGTCGGCAATTCAGTTGAG3’和miR；TripletSVM用于预测具有发夹结构的序列是否为miRNA前体物VirMir预测病毒miRNA候选发夹结构序列在miRNA设计方面，WMD3支持人工miRNA设计，sRNAPrimerDB提供定量引物设计方案。

环状RNAcircRNA作为RNA领域的重要研究对象，具有特殊的封闭环状结构，使得它们在生物学功能上表现出显著的稳定性这种分子富含microRNAmiRNA结合位点，能够作为miRNA海绵作用于解除对靶基因的抑制，为理解基因表达调控提供了新的视角在circRNA研究中，获取特定circRNA的序列并设计相应的引物是关键步骤以；miRNA引物设计茎环法+染料法检测设计方法通用茎环后端加miRNA后面6个碱基的反向互补序列为反转录引物，正向引物为miRNA去除后面6个碱基的序列，反向引物在茎环上反转录茎环通用序列GTCGTATCCAGTGCGTGTCGTGGAGTCGGCAATTGCACTGGATACGACmiRNA序列mmumiR99b5pMIMAT0000132 Mus musculus miR99。

引物设计流程1通过已有文献确认所需扩增序列的名字2从网上寻找该基因的全序列并存档，请确认序列引用页上“mRNA”标识3复制序列，将之粘贴至在线软件“Primer 3”或“Primer 5”上，设定参数，设计引物并存档4在给出的引物序列中选取一对，用在线软件“NCBI BLAST”检索5在软件“；16 BIOINF提供环状RNA引物设计功能，包括注释外显子和内含子检索circBase中的环状RNA剪切序列和基因组序列获取引物设计等17 circlncRNAnet基于TCGA的芯片数据，提供了多种筛选和分析功能，包括热图相关基因共表达GO注释KEGG注释等18 TSCD提供人和小鼠主要组织中组织特异性circRNA的。